Trường THCS Lê Quý Đôn tiền thân là trường phổ thông Chuyên cấp 2 Thanh Sơn, được thành lập ngày 21 tháng 8 năm 1993, thuộc sự quản lý, chỉ đạo của Phòng GD&ĐT Thanh Sơn. Nhiệm vụ chính trị của trường là : Giáo dục học sinh phổ thông, toàn diện, hướng nghiệp, nơi phát hiện, tuyển chọn, bồi dưỡng học sinh giỏi, là nơi thử nghiệm việc đổi mới phương pháp dạy học, góp phần bồi dưỡng phương pháp dạy học cho học sinh THCS trong phạm vi toàn Huyện.
Ngày đầu thành lập, trường có 4 lớp với 78 học sinh, 8 cán bộ quản lý, giáo viên, nhân viên, 1 đảng viên. Đến nay trường có 16 lớp với 576 học sinh, 42 cán bộ quản lý giáo viên, nhân viên, 28 đảng viên. Được các cấp ủy Đảng, chính quyền và nghành giáo dục quan tâm chỉ đạo trực tiếp, tạo điều kiện thuận lợi cho các hoạt động giáo dục của đơn vị; là trường THCS đạt chuẩn Quốc gia đầu tiên của Huyện Thanh Sơn tháng 10 năm 2005.
Mặc dù gặp không ít khó khăn, nhiều năm qua thầy và trò nhà trường đã nỗ lực phấn đấu, quyết tâm duy trì và phát triển giáo dục toàn diện, là đơn vị dẫn đầu khối THCS khu vực miền núi về ứng dụng CNTT vào công tác giáo dục, xây dựng trường học thân thiện, học sinh tích cực, thực hiện chương trình đổi mới giáo dục phổ thông, đổi mới phương pháp dạy học và trong kiểm tra đánh giá học sinh, nâng cao hiệu quả đào tạo của trường THCS chuẩn Quốc gia.
Với những kết quả và thành tích nổi bật của nhà trường liên tục đạt được trong 5 năm qua, đặc biệt là trong năm học 2008-2009, bằng sự nỗ lực vượt khó, kiên trì phấn đấu vươn lên của tập thể cán bộ quản lý, giáo viên, nhân viên nhà trường.
Tháng 01 năm 2010 trường THCS Lê Quý Đôn vinh dự được Nhà nước trao tặng Huân chương Lao động Hạng nhì./.